Okulumuz eğitim sisteminin 4+4+4´e dönüşmesiyle birlikte 2012-2013 Eğitim-Öğretim Yılında Toki Okçular İlköğretim Kurumu çatısı altında Alaplı Toki Okçular İmam Hatip Ortaokulu adıyla 2 derslik 60 öğrenciyle hizmet vermeye başlamıştır. 2014-2015 Eğitim öğretim yılında kapanan Atalay Lisesi binasına taşınarak okul ismi Alaplı İmam Hatip Ortaokulu olarak değişmiştir. Okulumuz 2019-2020 Eğitim Öğretim yılının ikinci döneminde de Alaplı Anadolu İmam Hatip Lisesi binasına taşınmış ve halen burada 9 derslik ve 190 öğrenciyle eğitim öğretime devam etmektedir.